新一輪審核評估實行部省分級負責、協同推進的制度。教育部負責制定審核評估政策、總體規劃，統籌協調、指導監督各地各校審核評估工作。委托教育部評估中心具體組織實施中央部門所屬高校第一、二類審核評估和地方高校第一類審核評估工作。
省級教育行政部門依據國家有關規定和要求，結合實際，負責制定本地區審核評估實施方案、總體規劃，報教育部備案。組織所屬高校第二類審核評估及推薦高校參加第一類審核評估工作。選取1-2所高校委托教育部評估中心指導開展第二類審核評估試點，為全面推開本地區審核評估工作做好示范。
為強化部省協同，保障評估工作實質等效，教育部教育督導局將牽頭建立全國共建共享共用的本科教育教學評估專家庫。專家經專業培訓、持證入庫、隨機遴選后作為參評高校評估專家。專家庫實行動態更新機制，各地各校要及時更新專家信息，對出現師德師風問題等不適宜繼續作為專家的，要及時標注并調整出庫。部省兩級教育行政部門負責組織實施或委托教育評估機構組織實施的本科教育教學審核評估等，所需專家原則上從專家庫選派。